上海大件物流公司旗下的上海到北京物流货运专线公司揭示，在用地性质上，也因概念不清而造成诸多矛盾。江苏一家物流有限公司代表告诉记者，公司曾通过出让获得用地性质为“其他商业用地”的国有出让用地，建设近1万多平方米的仓储和多式联运的场站用地。但由于相关政策不明朗，在办理出让手续时，国土部门不认为这是工业用地。
是营业税税负不一。上海到北京物流货运专线公司在调查中了解到，不少物流企业反映，税率不统一。北京一家物流基地负责人表示，同样是运输仓储，但北京市《装卸搬运专用发票》和《服务业统一发票》所对应的装卸运输和仓储营业税费率却大为不同，一个是3%，另一个是5%。他认为物流企业应该按运输企业标准，统一营业税率为3%。
北京市发改委相关负责人也承认，物流行业目前税负普遍较重，特别是目前的货运代理企业没有纳入工商企业增值税进项抵扣范围，导致很多制造业的客户拒收国际货运代理发票。
最后，就是土地不足制约物流业的发展。对于土地的渴盼，是所有物流企业共有的。事实上，物流项目与工业项目、商业项目相比，无论从GDP还是税收贡献来说，均有所不及，因此更容易面临政府搬迁的压力。
南京市发改委相关负责人表示，物流用地多定性为工业用地，对于配套设施的建设有所限制，一般要求配套用地面积不超过总占地面积的7%，因此在相关指标上还不能满足企业的需求。此信息由上海到北京物流托运公司提供。
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